《X档案》第五季由金·曼纳斯执导，大卫·杜楚尼、吉莲·安德森、米彻·佩勒吉、威廉·B·戴维斯、汤姆·布莱德伍德、迪恩·哈格鲁德、布鲁斯·哈伍德和约翰·芬主演。故事紧接上一季的剧情发展，我们看到穆德成为骗局的受害者，但在及时发现错误后，他与史考莉串通一气，骗取政府高层的信任，以便潜入“一位普通FBI特别探员不该进入的地方”并搜集所需的情报。

本季的故事逐渐发展得更加精彩，一些未被完全改造的混血外星人联合起来，抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时，她的子宫被移除，然而，今年奇迹般地出现了她的孩子艾蜜莉。为了增加故事的变化和新鲜感，制作团队还请来了两位知名科幻小说家客串编写了两集剧本。此外，还有一集以喜剧形式呈现。

在为了配合电影上映而进行的内容调整中，X档案增加了一些新的角色和情节。辛迪加组织的阴谋变得越来越明显，而穆德再次接近揭示真相的底层。此外，穆德的前女友的出现也对穆德与史考莉之间的关系提出了重大考验。

然而，该季的故事以吸烟人烧毁了所有X档案卷宗作为结尾。...