故事的舞台是在战争中被破坏的基地殖民地、飘荡着大量战舰的残骸的“Thunderbolt宙域”，宙域是对ZEON公国要塞“A Bao A Qu”的补给道路，为了夺回宙域，地球连邦军和ZEON公国展开了激烈的战斗。地球连邦军的伊奥·弗莱明少尉等人乘坐GM204F，潜入Thunderbolt宙域，向狙击手发起了挑战。

机动战士高达 雷霆宙域 第二季的精彩剧评：

7 南洋同盟的设定太奇葩；展开幅度太大 系列构成又太短 就当作为第三期作铺垫吧

还是太短了，下一季闭关锁国之后还能否看到。

监督尽力了，但因为篇幅限制和原作拖后腿，搞得砍剧情无从下手，只好缩了很多水，很可惜终究没能完成《宇宙篇》那样化平庸为神奇的壮举…音乐还是一如既往十分优秀，但这次却单单只是“优秀的音乐”而已，并没有如之前那般完美的与战斗结合，如此衬托之下更显故事的单薄和松散，内核也从UC系变成了X系

两位主人公被前女友搞得焦头烂额的时候就显出傻子那和钢弹谈恋爱的好了。等一个总集篇剧场版。

可能是因为漫画有意拉长篇幅加入了第三方势力-南洋同盟，导致本季剧情显得有些杂乱，但作画依旧精致，战斗场景仍然精彩。第二季很少出现Free Jazz了，反倒多了很多日语歌。本季的热度完全比不上第一季，照这样下去阿特拉斯以及精神力扎古-MK II很难MG化了，新龟霸虽然很不错，但万代肯定不会出。。